So sánh các Hệ Thống Real-time PCR
So sánh các Hệ Thống Real-time PCR
Hiện nay tại Việt Nam các dòng máy Realtime PCR phổ biến trên thị trường gồm ABI Qiagen, BioRad, Agilent. Để đáp ứng việc tìm hiểu thông tin, dưới đây là so sánh và đánh giá về 4 hệ thống Real-time PCR của 3 hãng khác nhau.
Khi xem xét một máy Realtime PCR có rất nhiều yếu tố trong đó có 3 hệ bộ phận cần quan tâm gồm: Hệ thống gia nhiệt, Bộ phận quang học và phần mềm.
Bộ phận luân nhiệt thường của máy Real-time PCRquan tâm 3 yếu tố: Số vị trí mẫu (công suất), thể tích phản ứng, và thông số nhiệt độ. Ngoài ra các yếu tố như loại tube sử dụng, có chức năng gradien, touch down... là các yếu tố xem xét thêm cho phù hợp với yêu cầu sử dụng khi lựa chọn
Bộ phận quang học: Đáng quan tâm nhất là số tác nhân đọc, công nghệ đọc. Hầu hết các hệ thống realtime PCR hiện nay đều trên 4 kênh. Một số hệ thống có tới 6 kênh (Rotor Gene Q - Qiagen, CFX 96 tourch - BioRad
Phần mềm điều khiển phân tích: Các hệ thống nhìn chung đều có phần mềm phân tích dễ sử dụng. Có chức năng HRM là một yếu tố cân nhắc khi lựa chọn hệ thống.
Bên dưới là bản so sánh 4 hệ thống (Rotor Gene Q - Qiagen, CFX96 Tourch - Biorad, Stepone Plus, 7500 Fast của ABI).
| Hình 1: Máy Rotor Gene Q - Hãng Qiagen. |
 |
| Hình 2: Máy CFX96 Tourch - BioRad |
| Tiêu chí so sánh | Qiagen Rotor-Gene Q | BioRad CFX 96 | ABI | |||
| Step one Plus | 7500 Fast | |||||
| 1. Bộ phận luân nhiệt | ||||||
| Bộ phận nhiệt tương thích với loại ống PCR thông thường 0.2ml, strip và plate. Số lượng giếng 96 | Rotor 100 vị trí cho plate 0.1 m, Rotor 72 vị trí cho strip 0.1ml, Rotor 36 cho ống 0.2 ml | Block nhiệt 96 vị trí cho ống 0.1ml | Block nhiệt 96 vị trí cho ống 0.1ml | |||
| Thể tích mẫu chạy | 10 - 50ul | 1 - 50 ul; 10 - 25ul recommended | 10-30 ul | |||
| Tốc độ gia nhiệt/ | 14oC/ s; | 5oC/ s | 6 oC/ s | |||
| Tốc độ hạ nhiệt | 20oC/s | 3.3 oC/ s | 4.5oC/ s | |||
| + Dải nhiệt độ điều khiển | Nhiệt độ phòng – 99oC | 0 - 100oC | 4-100oC | |||
| + Độ chính xác nhiệt độ điều khiển: ± 0.25ºC | ± 0.25oC | ± 0.2oC | ± 0.25oC | |||
| + Mức độ đồng đều của block nhiệt: 0.4ºC | ± 0.01oC | ±0.4oC | ±0.5oC | |||
| + Có thể cài đặt chế độ ủ mẫu | Có | Có | Có | Có | ||
| + Chức năng chống bay hơi nước trong ống phản ứng | Mẫu được đặt trên rotor quay như ly tâm, hơi nước ngưng tụ trên nắp ngay lập tức được spindown xuống | Có nắp nhiệt có thể cài nhiệt độ 105oC | Có nắp nhiệt có thể cài nhiệt độ 105oC | |||
| + Có chức năng gradient nhiệt độ có thể áp dụng cho cả 3 bước của phản ứng PCR là biến tính, gắn mồi và kéo dài chuỗi. | + Không | Chức năng giadient cho bước gắn mồi của phản ứng Real time | Không có chức năng gradient | |||
| Chức năng Touch Down PCR | Có | Có | Không | |||
| + Thời gian chạy không quá 60 phút cho toàn bộ chu trình 40 chu kỳ | 45 Phút | ~ 2h | 30 phút | 30 Phút | ||
| + Báo lỗi, ngừng khi gặp sự cố về điện hay lỗi chương trình và tiếp tục hoạt động khi khắc phục sự cố | + Đạt | + Đạt | + Đạt | + Đạt | ||
| 2. Hệ thống quang học định lượng Realtime | ||||||
| Dải động học tuyến tính: tối thiểu 9 bậc biên độ. | 10 bậc | 9 bậc | 9 bậc | 9 bậc | ||
| Chức năng HRM | Có | Không | Không | Có | ||
| Ngưỡng phát hiện có độ nhạy cao: có thể phát hiện tới 1 bản copy | + Đạt | + Đạt | + Đạt | + Đạt | ||
| Nguồn sáng kích thích: | LED | LED | LED | Halogen | ||
| - LED có tuổi thọ cao ~ 10000 giờ | + Đạt | + Đạt | + Đạt | + Đạt | ||
| Số kênh màu có thể phát hiện tối đa | 2 kênh, 5 kênh, 6 kênh | 6 kênh | 4 kênh | 5 kênh | ||
| Detector | PMT | Photodiode | Photodiode | CCD | ||
| + Màu huỳnh quang hiệu chuẩn (như ROX hoặc màu nào khác để hiệu chuẩn tín hiệu giữa các mẫu | Không yêu cầu | Không yêu cầu | Yêu cầu ROX | Yêu cầu ROX | ||
| Yêu cầu hiệu chuẩn định kỳ hoặc khi di chuyển. | Không yêu cầu | Lần đầu khi cài máy | Định kỳ 1 năm/1 lần | Định kỳ 6 tháng 1 lần | ||
| 3. Phần mềm xử lý, phân tích dữ liệu | ||||||
| - Phần mềm có bản quyền | + Đạt | + Đạt | + Đạt | + Đạt | ||
| - Thỏa mãn yêu cầu quản lý GLP. | ||||||
| - Phần mềm chạy trên môi trường Windows | ||||||
| + Phần mềm cho phép thiết lập các thông số: vị trí trên block nhiệt, đặt chu trình nhiệt, hiển thị và phân tích kết quả hoặc tương đương | +) Đạt | + Đạt | + Đạt | + Đạt | ||
| + Cho phép định lượng tuyệt đối bằng đường cong chuẩn | + Đạt | + Đạt | + Đạt | + Đạt | ||
| + Cho phép định lượng tương đối bằng hai đường chuẩn, phân tích biểu hiện gene | ||||||
| + Tính toán được giá trị Ct | ||||||
| + Cho phép định lượng tương đối bằng so sánh giá trị Ct | ||||||
| + Cho phép phân tích đường cong nóng chảy | ||||||
| + Cho phép phân tích khi kết thúc (End point Assay) | ||||||
| + Phân tích SNP - xác định kiểu gene | ||||||
| + Phần mềm điều khiển, quản lý, phân tích dữ liệu, báo cáo dễ sử dụng, được liên tục update miễn phí qua internet hoặc nhân viên kỹ thuật của công ty | + Đạt | + Đạt | + Đạt | + Đạt | ||
| + Kết quả phân tích có thể chuyển sang dạng Microsoft Excel | + Đạt | + Đạt | + Đạt | + Đạt | ||