Tuy nhiên có rất nhiều loại kit khác nhau cho những mục đích khác nhau. Bài viết này chia sẻ cách lựa chọn kit phù hợp với mục đích sử dụng của người viết dựa trên kinh nghiệm sử dụng và tổng hợp thông tin trên website: https://www.qiagen.com/
Kit tách phổ biến cho mục đích này là kit QIAamp DNA Blood mini Kit. Code 51104 hoặc 51106 và QIAamp DNA Mini Kit 51304 hoặc 51306.
Hai bộ kit trên thành phần đa số giống nhau và chỉ khác nhau ở enzyme ly giải tế bào protease (DNA Blood Mini Kit), Proteinase K (ở DNA Mini Kit) và ATL (chỉ có ở QIAamp DNA mini Kit). Điểm khác biệt này dẫn đến 1 vài ứng dụng khác nhau sẽ trình bày bên dưới.
Bộ Kit QIAamp DNA Blood Mini Kit ứng dụng cho tách DNA genome người, ty thể và viral DNA;
Bộ kit QIAamp DNA Mini Kit ngoài các loại DNA giống kit QIAamp DNA Blood mini Kit còn có thể tách được DNA vi khuẩn, nấm, ký sinh trùng, từ hầu hết các loại mẫu tươi (máu, mô, dịch cơ thể)
Sự khác nhau giữa Protease trong kit QIAamp DNA Blood Mini Kit và Proteinase K trong kit QIAamp DNA Mini Kit:
Protease tối ưu cho đệm ly giải Buffer AL của bộ kit. Khi nồng độ EDTA trong mẫu lớn hơn 8mM hoặc có chứa SDS thì Protease sẽ bị giảm hoạt tính. Trong điều kiện trên thì nên sử dụng Proteinase K để ly giải tế bào sẽ hiệu quả. Ngoài ra, với các mẫu khó ly giải như mô, vi khuẩn, nấm, ký sinh trùng thì sử dụng Proteinase K trong đệm ATL sẽ giúp việc ly giải tế bào hiệu quả hơn sử dụng protease trong AL. Với những mẫu ly giải khó kit QIAamp DNA Mini Kit được khuyến cáo.
Hai bộ kit trên cũng được khuyến cáo sử dụng tách các mẫu tủy xương, huyết tương, huyết thanh, nước ối, phết tế bào, máu khô trên giấy thấm (chỉ bộ QIAamp DNA Mini Kit). Bộ kit QIAamp DNA Mini Kit cũng phù hợp để tách Viral DNA từ nước tiểu như BK Virus.
Để tách vi khuẩn gram dương cần có thêm bước tiền sử lý để phá vỡ vách tế bào rất dày và cứng của chúng. Thông thường sử dụng lyzozyme để phá vỡ trước khi ly giải với đệm của bộ kit. Có 1 cách khác đơn giản hơn để phá vỡ vách tế bào và sử dụng hiệu quả với bộ kit trên đó là shock nhiệt (đun 95 độ C trong 15 phút và cho ngay vào đá lạnh)
2. Kit tách cho mẫu huyết thống, pháp y, hình sự
Các mẫu cho mục đích huyết thống như máu, niêm mạc miệng có thể sử dụng 2 kit ở mục 1. Với các mẫu kho như mẫu xương, mẫu tóc, móng tay, kẹo cao su, phết trên bề mặt hiện trường, bàn chải đánh răng, dao cạo râu... bộ kit QIAamp Investigator DNA Kit được khuyến cáo sử dụng.Bộ kit này đã được tối ưu để tách các mẫu dấu vết trong hiện trường.
Bộ kit QIAamp Investigator DNA Kit và bộ kit QIAamp DNA Micro kit có thành phần và chức năng giống nhau hoàn toàn, tuy nhiên bộ kit QIAamp Investigator đã được validate. Hiện nay vẫn còn nhiều phòng lab Forensic vẫn sử dụng bộ QIAamp DNA Micro Kit để tách các mẫu hiện trường.
Kit Investogator DNA còn có phiên bản tự động trên máy Qiasymphony và EZ1 Advance.
3. Tách chiết DNA từ nước tiểu
Để tách DNA từ cặn ly tâm nước tiểu bộ kit QIAamp DNA Micro Kit code 56304 được khuyến cáo, tuy nhiên vẫn có thể sử dụng được bằng kit QIAamp DNA Mini Kit.
Để tách viral DNA trực tiếp từ nước tiểu bộ kit được khuyến cáo là QIAamp Viral RNA Mini Kit vì đểm AVL tối ưu để bất hoát chất numerous gây ức chế phản ứng PCR trong nước tiểu.
Nếu khách hàng có sử dụng máy tách tự động công nghệ tách từ như QIAsymphony hoặc EZ1 Advance thì các kit tách virus (viral DNA/RNA) từ nước tiểu đều được tối ưu sẵn
4. Tách DNA từ Phân và đất
Kit QIAamp DNA Stool Kit hoặc Kit QI
Aamp DNA Fast Stool kit được khuyến cáo. Kit này của Qiagen đặc biệt ở điểm có viên hấp thụ chất ức chế có trong các mẫu này Exinhibit tablet giúp loại bỏ chất ức chế trong các mẫu này.
Qiagen không có kit tách dành riêng cho mẫu đât, tuy nhiên bộ kit tách phân QIAamp DNA Stool Kit khá hiệu quả cho tách vi khuẩn, virus từ đất.
5. Tách chiết đồng thời viral DNA và Viral RNA trong cũng 1 kit
Dòng kit QIAamp Minelute Virus kit sử dụng cho mục đích tách chiết đồng thời virus có bộ gene là DNA và virus có bộ gene là RNA (ví dụ tách được HBV, HIV, HCV đồng thời). Kit này có 2 dạng kit sử dụng cột ly tâm (tách 200-400 ul plasma, serum) hoặc sử dụng hút chân không (tách 500 ul serum, plasma).
Kit này có chứng chỉ IVD có thể dùng cho mục đích xét nghiệm NAT (Nucleic Amplication Test) để sàng lọc các virus lây qua đường chuyền máu.
Các kit tách từ Qiasymphony Virus/pathogen DSP Kit chạy trên máy Qiasymphony có thể tách đồng thời virus DNA/RNA và vi khuẩn trong cùng 1 lần tách. Nếu không có máy tách tự động vẫn có thể mua kit này để tách tay và cần trang bị thêm 1 rack từ.
6. Kit tách cho động vật trong thú y, thủy sản
Hiện nay phổ biến vẫn dùng kit DNeasy Blood and Tissue để tách DNA của virus, vi khuẩn gây bệnh trên. RNeasy mini Kit để tách virus RNA từ máu và mô.
Qiagen mới ra 1 kit mới đó là QIAamp Cador Pathogen Mini Kit. Kit này được tối ưu riêng cho mảng thú y. Kit rất linh hoạt có thể tách đồng thời viral DNA, RNA và vi khuẩn với cùng 1 kit và cùng một quy trình với hầu hết các loại mẫu trong thú Y. So với bộ kit cùng chức năng trước đây, bộ kit này có giá tương đối tốt hơn.
7. Kit tách từ mẫu thực vật
Sử dụng bộ Kit DNeasy Plant Mini Kit cho tách DNA và RNeasy Plant mini Kit cho tách RNA. Các kit này có thêm 1 cột lọc nữa có tên là Qiashoulder để lọc các cặn xác tế bào sau khi nghiền để lại bỏ các mảnh lớn không được nghiên hết.
8. Tách chiết DNA từ mẫu có kích thước phân tử lớn
Các kit tách chiết thông thường có thể tách được bộ gene tối đa khoảng 40 Kb. Để tách chiết các loại DNA có kích thước trên 40 Kb, bộ kit QIAGEN Genomic-Tips or Gentra® Puregene® Kits. Gentra Puregene Kits có thể tách DNA có kích thước 100-200 kb. Sản phẩm DNA hoàn toàn có thể dùng được cho mục đích NGS.
9. Tinh sạch sản phẩm PCR và giải trình tự
Bộ kit QIAquick PCR Purification Kit và QIAquick Gel Extraction Kit dùng cho tinh sạch đoạn DNA lần lượt từ sản phẩm PCR và miếng cắt gel. Các kit trên có thể thu hồi đoạn từ 100bp - 10 kb với nồng độ cao, thể tích thu hồi 30 - 50 ul.
Để tinh sạch sản phẩm có kích thước <100 bp bộ kit Minelute PCR Purification và Minelute Gel Extraction Kit. Thể tích elute có thể giảm xuống 10 ul.